bobry (Castor fiber), wydry (Lutra lutra), oraz co najmniej trzy gatunki nietoperzy: nocek rudy (Myotis daubentonii), karlik malutki (Pipistrellus pipistrellus) i umieszczony w załączniku II dyrektywy siedliskowej nocek łydkowłosy (Myotis dasycneme).
Ochrona przyrody thumb|220px|Rospuda koło uroczyska Święte Miejsce Nadzór nad Obszarem Chronionego Krajobrazu „Dolina Rospudy” sprawuje Zarząd Województwa Podlaskiego.
Południowa część obszaru chronionego krajobrazu znajduje się w sieci Natura 2000 jako obszar mający znaczenie dla Wspólnoty pod nazwą Ostoja Augustowska oraz obszar specjalnej ochrony ptaków „Puszcza Augustowska”. Teren od jeziora Rospuda Filipowska do miejscowości Raczki (tzw. „Dolina Górnej Rospudy”) został zaproponowany jako specjalny obszar ochrony siedliskUchwała Nr XXIII/156/09 Rady Gminy Filipów z dnia 2 czerwca 2009 r..