Również flora mszaków zawiera rzadkie gatunki będące reliktami polodowcowymi, wśród nich ściśle chroniony mszar krokiewkowaty (Paludella squarrosa).
Fauna thumb|250px|Dostojka akwilonaris Również w przypadku zwierząt, większość dostępnych danych ogranicza się odcinka doliny wykształconego wzdłuż dolnego biegu rzeki, między uroczyskiem Święte Miejsce a ujściem do jeziora Rospuda Augustowska.
Fauna bezkręgowców obfituje tam w gatunki rzadkie, zagrożone i objęte ochroną prawną. Trzy taksony objęte są ochroną na podstawie załącznika II dyrektywy siedliskowej: małż skójka gruboskorupowa (Unio crassus) oraz ważki zalotka większa (Leucorrhinia pectoralis) i trzepla zielona (Ophiogomphus cecilia). Towarzyszą im ściśle chronione ważki: łątka zielona (Coenagrion armatum) – krytycznie zagrożona w Polsce, iglica mała (Nehalenia speciosa) – zagrożona w Polsce i związana z szuwarami niskich turzyc nad wodami torfowiskowymi, zalotka białoczelna (Leucorrhinia albifrons), zalotka spłaszczona (Leucorrhinia caudalis), żagnica zielona (Aeshna viridis) i miedziopierś północna (Somatochlora arctica). Do gatunków objętych ścisłą ochroną należy również motyl dostojka akwilonaris (Boloria aquilonaris), występujący wyłącznie na torfowiskach, ponieważ rośliną żywicielską jego larw jest żurawina błotna.