18 listopada 1923 roku kościół został poświęcony przez bpa Józefa Sebastiana Pelczara, który w tym dniu także erygował parafię pw. św. Józefa, z wydzielonego terytorium parafii Przemyśl-Katedra. W skład nowej parafii weszły: dzielnica „Zasanie”, Ostrów, Kuńkowce i Lipowica. Pierwszym proboszczem nowej parafii został dyrektor Zakładu Wychowawczego ks. Antoni Hlond (brat ks. Augusta Hlonda), a wikariuszem ks. Rudolf Komorek. 6 listopada 1927 roku został konsekrowany kościół i ołtarz główny, a pierwszą Mszę św. odprawił jego fundator bp Anatol Nowak.
30 maja 1945 roku podczas napadu żołnierzy sowieckich zginęli: ks. Jan Dolata SDB i br. Ludwik Cienciała SDB. W latach 1949–1950 wykonano dwa boczne ołtarze, według projektu arch. Mario Ceradiniego, które wykonał przemyski rzeźbiarz Kazimierz Koczapski. W latach 1961–1962 artysta malarz prof. Stanisław Jakubczyk z Krakowa wykonał polichromie. 5 października 1963 roku władze komunistyczne zagarnęły budynki szkolne, a Salezjańska Szkoła Organistowska w Przemyślu przestała istnieć. Po odzyskaniu budynków i kapitalnym remoncie od 1 września 2001 roku funkcjonuje szkoła dla młodzieży imienia bł. Augusta Czartoryskiego. W 2018 roku Salezjańska Szkoła Organistowska została reaktywowana.
8 czerwca 2023 roku dekretem abpa Adama Szala przy parafii zostało ustanowione Sanktuarium św.