Według raportu służb bezpieczeństwa biskup Gojdič osobiście poprowadził fikcyjną ceremonię konwersji, aby ratować Żydów w mieście Michalovce.
W kwietniu 1950 roku władze komunistyczne Czechosłowacji uznały działalność Kościoła greckokatolickiego za nielegalną (w przeciwieństwie do prawosławia), a biskup Gojdič został aresztowany i oskarżony o zdradę. Pozbawiono go praw publicznych i na pokazowym procesie (wraz z rzymskokatolickimi biskupami Jánem Vojtaššákiem i Michalem Buzalką) skazano najpierw na dożywotnie więzienie, następnie zamieniono mu karę na 25 lat pozbawienia wolności.
Paweł Piotr Gojdič nie wyparłszy się wiary katolickiej zmarł w czechosłowackim więzieniu.
W 1990 roku został zrehabilitowany.
Kult Od 1990 roku jego relikwie spoczywają w sarkofagu w jednej z kaplic greckokatolickiej katedry św. Jana Chrzciciela w Preszowie. Paweł Piotr Gojdič został beatyfikowany w dniu 4 listopada 2001 roku przez papieża Jana Pawła II na placu św. Piotra w Rzymie.
Jego wspomnienie liturgiczne obchodzone jest w dzienną rocznicę śmierci.
Odznaczenia 27 stycznia 2008 bł. Paweł Piotr Gojdič został ogłoszony Sprawiedliwym wśród Narodów Świata.