W tym czasie z Bydgoszczy wycofali się już żołnierze regularnej armii polskiej. Niemcy napotkali jednak na zaciekły opór stawiany przez członków bydgoskiej Straży Obywatelskiej. Szczególnie zacięte walki wybuchły w robotniczej dzielnicy Szwederowo, gdzie działali kolejarze należący do Kolejowego Przysposobienia Wojskowego pod dowództwem Franciszka Marchlewskiego. W walce zginęło dwóch niemieckich żołnierzy, a oficer w stopniu majora został wzięty do niewoli. Bydgoska Straż Obywatelska złożyła broń dopiero po uzyskaniu zapewnienia od generała Eccarda von Gablenza (dowódcy grupy bojowej „Netze”), że respektowane będą jej prawa należne regularnym wojskomZgodnie z IV konwencją haską członkowie oddziałów nieregularnych noszący wyróżniające oznaki oraz używający broni w sposób jawny są uznawani za członków wojsk regularnych i podlegają ochronie konwencji.. Niemcy nie dotrzymali jednak złożonych obietnic. Wzięci do niewoli członkowie Straży Obywatelskiej zostali wydani w ręce funkcjonariuszy Einsatzgruppe IV. Część jeńców (w liczbie ok. 40) SS-mani zakatowali na śmierć metalowymi prętamiHelmut Bischoff zapisał później w swej relacji: „Przestępcy ci zostali po części już w drodze przy odstawianiu ich do ratusza srodze pobici przez naszych niezmiernie rozgoryczonych żołnierzy i urzędników policyjnych.