W pobliżu ujścia Brdy do Wisły wybudowano dwie śluzy i dwa jazy oraz wypełniono wodą akwen o powierzchni ok. 50 ha zwanym portem drzewnym lub portem bydgoskim.
Port Drzewny składał się z portu zewnętrznego i wewnętrznego. Port zewnętrzny (awanport) stanowiła przestrzeń o powierzchni 9 ha między Wisłą a śluzą Brdyujście, gdzie było schronisko dla statków i tratew przybywających od strony Wisły oraz miejsce postoju dla ich prześluzowania. Powyżej śluzy Brdyujście znajdował się port wewnętrzny przeznaczony do składowania tratew w celu ich ochrony przed powodziami na Wiśle oraz służący jako rynek drzewny. Jego powierzchnia wynosiła 50 ha, długość 1,65 km, szerokość 330 m i głębokość 2 m. Posiadał on wbite w dno pale drewniane do przywiązywania tratew, które rozdzielały akwen na trzy pasma wody. Od strony Wisły zbudowano wał o długości 3 km, który miał chronić obie części portu drzewnego.
Gdy rozpoczęto eksploatację portu zgodnie z jego przeznaczeniem, straty na ubytkach drzewa spadły do minimum, a dochody z portu i śluz były tak wysokie, że w ciągu 20 lat koszty zostały zwrócone. 1 stycznia 1899 Bydgoskie Towarzystwo Akcyjne Portu przekazało port na własność państwa.