W zależności od gatunku zwierzęcia, stosuje się ją do leczenia różnych chorób: psy/koty: infekcje przewodu pokarmowego i układu oddechowego, moczowego, oraz skóry; kurczaki/indyki: zakaźny nieżyt nosa ptaków (Coryza contagiosa avium), salmoneloza, pastereloza, infekcje spowodowane E. coli; cielęta/bydło: infekcje przewodu pokarmowego i układu oddechowego, zapalenie gruczołu mlekowego; świnie: choroby układu oddechowego, bezmleczność poporodowa u macior, kolibakterioza, salmoneloza;
Przy jednoczesnym stosowaniu chloramfenikolu, tetracyklin, lub antybiotyków makrolidowych mogą występować zjawiska antagonistyczne. U pacjentów, u których wykryto paciorkowce należy zrezygnować z podawania leku, ze względu na niską skuteczność. Enrofloksacyna może być podawana zarówno doustnie w formie tabletek, jak również dożylnie lub podskórnie.
Działania niepożądane Szczególną wrażliwość na enrofloksacynę wykazują przede wszystkim rosnące psy i indyki. Może ona poważnie uszkodzić chrząstki stawowe znajdującą się w okresie wzrostu i ze względu na to nie powinna być podawana w tym przypadku w ogóle.