27 kwietnia 2011 na terenie kompleksu koszarowego w Tczewie odbyła się uroczysta zmiana podporządkowania 16 Tczewskiego batalionu saperów. Od tego dnia podporządkowany został 21 Brygadzie Strzelców Podhalańskich im. gen. bryg. Mieczysława Boruty-Spiechowicza. 1 października 2011 odbyło się pożegnanie batalionu z Tczewem i 16 batalion saperów został przeniesiony do Niska w województwie podkarpackim. Od momentu przybycia na Podkarpacie batalion czynnie uczestniczył w życiu Niska i wielu ościennych miejscowości. Żołnierze batalionu wspierali społeczność lokalną – w 2013 wybudowano drogę w gminie Turobin, w maju 2019 nieśli pomoc mieszkańcom najbardziej zagrożonych powodzią terenów w gminie Wadowice Górne.
29 sierpnia 2019 decyzją Ministra Obrony Narodowej nr 134/MON wprowadzony został proporzec rozpoznawczy dowódcy 16 Tczewskiego batalionu saperów. Na przełomie czerwca i lipca 2020 przez kilka tygodni żołnierze batalionu uczestniczyli w usuwaniu skutków powodzi jakie dotknęły województwo podkarpackie. Realizowano szereg prac związanych z odbudową zniszczonej infrastruktury drogowej oraz mostowej w powiecie rzeszowskim w gminach Chmielnik i Dylągówka oraz powiecie przemyskim w gminach Huta Brzuska, Dubiecko, Krzywcza i Piątkowa. Udrożniono koryta rzek i potoków, odbudowano przepusty drogowe.