Wprawdzie marrani mieli silne poczucie swej etnicznej odrębności, a dokumenty procesowe dowodzą, że zachowywali wiele żydowskich nawyków kulturowych, jednak w niewielu tylko przypadkach materiał dowodowy inkwizycji wskazuje na rzeczywiste praktykowanie religii żydowskiej. Zwraca się uwagę, że w przypadku marranów praktycznie wszelkie odstępstwa od katolickiej ortodoksji traktowano jako przejawy „judaizanctwa”, choć nierzadko świadczyły raczej o religijnej indyferencji lub brakach w katolickiej edukacji. Paradoksalnie, to dopiero działalność inkwizycji w latach 80. XV wieku spowodowała, że wielu konwertytów poczuło się odrzuconych przez społeczność chrześcijańską i na nowo odkryło swą żydowską tożsamość. Również żydzi chrzczeni przymusowo w Portugalii w 1497 w większości byli niechętni nowej wierze i starali się zachowywać potajemnie wiarę przodków. To właśnie ci portugalscy „nowi chrześcijanie” utworzyli autentyczną wspólnotę „kryptożydów”, która dzięki emigracji sięgnęła daleko poza Półwysep Iberyjski.