Po powrocie do Polski pracował w Ministerstwie Spraw Zagranicznych oraz Polskim Instytucie Spraw Międzynarodowych, gdzie kierował Zakładem Krajów AzjiBarbara Szaynok Z historią i Moskwą w tle. Polska a Izrael 1944-1968, wyd. IPN przy współpracy z IH Uniwersytetu Wrocławskiego, Warszawa 2007, s. 59Michał Komar, Czas wielkiej anegdoty (wywiad ze Stefanem Mellerem), „Gazeta Wyborcza” z 22 grudnia 2007. Od maja 1962 był przedstawicielem Polski w Międzynarodowej Komisji Nadzoru i Kontroli w Laosie, w randze ministra pełnomocnego. W swoich działaniach sprzeciwiał się badaniu incydentów, o które obwiniano Pathet Lao i ostatecznie, po protestach amerykańskich został odwołany ze swojej funkcji pod koniec 1963Jakub Tyszkiewicz Polityka Stanów Zjednoczonych wobec Polski w okresie rządów Johna F. Kennedy’ego, wyd. Uniwersytetu Wrocławskiego, Wrocław, 2011, s. 48-54.
W 1967 opublikował wybór dokumentów i materiałów dotyczących konfliktu arabsko-izraelskiego, który przez władze PRL został uznany za przejaw „tendencji syjonistycznych”. W konsekwencji został zwolniony z pracy, a w 1969 usunięty z PZPR. Wyjechał do Norwegii, w latach 1969-1989 pracował w Peace Research Institute Oslo, w latach 1981–1983 był dyrektorem PRIO. Od 1989 pracował w Norweskim Instytucie Praw CzłowiekaSylwetka na stronie PRIO.