Po kilku latach parafia prawosławna w Hongkongu podjęła starania na rzecz wzniesienia cerkwi, do czego ostatecznie nie doszło z powodu wybuchu II wojny światowej. Po zakończeniu tego konfliktu spory wewnętrzne doprowadziły do rozłamu we wspólnocie prawosławnej w Hongkongu: część wiernych pozostała w jurysdykcji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, część zaś przyłączyła się do Patriarchatu Konstantynopolitańskiego. Równocześnie liczba prawosławnych w Hongkongu nadal spadała, gdyż większość Rosjan opuściła kontynent azjatycki, by udać się do Australii lub do Ameryki. W 1955 w liście do biskupa Wiktora ks. Uspienski pisał, że od początku jego pracy w Hongkongu liczba wiernych spadła z 300–350 osób do 80. Twierdził jednak, że zachowanie parafii jest konieczne.
Po wyjeździe rosyjskich misjonarzy z Chin w 1955 wierni parafii w Hongkongu, niemal wyłącznie Rosjanie, odmówili podporządkowania się hierarchii Chińskiego Kościoła Prawosławnego, na czele której stał Chińczyk z pochodzenia, biskup Bazyli (Yao). Parafianie konsekwentnie odmawiali również zwrócenia się do patriarchy Moskwy o nadanie statusu stauropigii, nawet wtedy, gdy w 1968 stale pracujący w Hongkongu ks. Dionizy Uspienski pragnął odejść na emeryturę.