Zaatakowane potrafią zażarcie bronić swojego terytorium.
Jjaro – Tajemnicza rasa obcych, która stworzyła S'phtów. W niewyjaśnionych okolicznościach zniknęła pozostawiając po sobie wiele artefaktów i stacji gwiezdnych.
BOB's (Born On Board) – Ludzie urodzeni na pokładzie Marathona.
Leela – Jedna z trzech AI na Marathonie. Dbająca o załogę, niezwykle pomocna dla gracza.
Durandal – Jeden z trzech AI na Marathonie, odpowiedzialny za otwieranie i zamykanie drzwi, systemy sanitarne i automatyczne kuchnie na pokładzie. Zostaje w nieznacznym stopniu uszkodzony, przez co zyskuje samoświadomość i postanawia wyzwolić się spod ludzkiego jarzma. Niezwykle arogancki, cyniczny i nieprzewidywalny, z jakiegoś powodu głównego bohatera darzy sympatią. Uważany za głównego przełożonego i zwierzchnika gracza przez całą trylogię.
Tycho – Jeden z trzech AI na Marathonie. Jego zadaniem na statku była pomoc i asystowanie naukowcom w ich badaniach. Odwieczny rywal Durandala. W pierwszej grze gra małą rolę, w pozostałych dwóch częściach uznawany jest za głównego antagonistę serii zaraz po Pfhorach.
Admirał Tfear – Dowódca Siódmej Floty Bitewnej Wschodniego Skrzydła. Uznawany za najdłużej służącego dowódcę w armii Pfhorów.