Powrót do Babilonii Po dziesięcioletnim pobycie w oazie Tema Nabonid powrócił do Babilonii, co nastąpiło pomiędzy 12 a 16 rokiem jego panowania. Tu osobiście przejął nadzór nad administracją i wyznaczył nowych urzędników. Podjął także decyzję o odbudowie świątyni boga Sina w Harranie – był to projekt, którego nie zdołał zrealizować na początku swego panowania. Wydaje się też, że dokonał on istotnych zmian w obrzędach religijnych w Babilonii, umiejscawiając boga Sina w świątyni Marduka i przyznając mu naczelne miejsce w panteonie. Najazd Cyrusa Wielkiego na Babilonię(539 r. p.n.e.)center|240px
Najazd Cyrusa na Babilonię W trakcie pobytu Nabonida w oazie Tema ważne zmiany polityczne dokonały się u wschodnich i północnych granic Babilonii. Według Kroniki Nabonida w szóstym roku panowania Nabonida Astiages (Ištumegu), król Medów, zaatakował perskiego króla Cyrusa (Kuraš), zwanego w tekście „królem Anszan”. Armia Astiagesa zbuntowała się jednak przeciw swemu władcy, uwięziła go i przekazała Cyrusowi, który podbił Medię i zajął jej stolicę Ekbatanę (Agamtanu). Zjednoczywszy Medów i Persów pod swoją władzą Cyrus rozpoczął podbój sąsiednich ziem, docierając aż do zachodniej Anatolii, gdzie pokonał rządzone przez Krezusa królestwo Lidii.