W marcu 1944 w kaplicy metodystycznej w Warszawie duchowni Kościołów Ewangelicko-Augsburskiego, Ewangelicko-Reformowanego, Metodystycznego, Starokatolickiego Mariawitów i Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego podpisali dokument „Konfesja Polska. Wyznanie wiary polskich chrześcijan”. Wybuch powstania warszawskiego zakończył ten etap współpracy.
15 listopada 1946 w Warszawie oficjalnie konstytuowała się Chrześcijańska Rada Ekumeniczna (od 1958 zwana Polską Radą Ekumeniczną) w obecności 46 delegatów z 12 Kościołów, które przystępują do Rady. Były to: Kościół Ewangelicko-Augsburski, Polski Kościół Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów, Zjednoczenie Kościołów Chrystusowych, Kościół Chrześcijan Wiary Ewangelicznej (przyjęty próbnie na rok), Unia Adwentystów Dnia Siódmego, Kościół Starokatolicki Mariawitów, Polski Narodowy Kościół Katolicki, Kościół Starokatolicki i Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny. Pierwszym prezesem Rady został ks. Zygmunt Michelis z Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego.