We wrześniu 2002 roku samolot ten w wersji pionowego i krótkiego startu i lądowania F-35B, której rozwój współfinansowała Wielka Brytania, został oficjalnie wskazany jako przyszły samolot dla marynarki brytyjskiej. Z nietypowych rozwiązań projektowych, zdecydowano się też na zastosowanie dwóch oddzielnych nadbudówek po prawej stronie, przedzielonych podnośnikiem lotniczym.
thumb|HMS „Queen Elizabeth” wypływa w próbny rejs, 2017 r. thumb|Sekcja dziobowa „Queen Elizabeth” przed montażem Z uwagi na rozmiar zadania, BAE Systems i Thales UK 30 stycznia 2003 roku połączyły siły jako konsorcjum Aircraft Carrier Alliance (ACA), do którego przystąpiły też następnie inne przedsiębiorstwa. 14 grudnia 2005 roku ACA otrzymała finansowanie na rozpoczęcie fazy demonstracyjnej projektu. 25 lipca 2007 roku Ministerstwo Obrony potwierdziło zamiar zamówienia dwóch lotniskowców, po czym 3 lipca 2008 roku zawarło umowę z konsorcjum ACA, pierwotnie opiewającą na 3,9 miliarda funtów. Zdecydowano się na zamówienie dwóch okrętów, aby zapewnić dostępność przynajmniej jednego lotniskowca, gdy drugi będzie w rezerwie lub remoncie. BAE Systems było podmiotem odpowiedzialnym za budowę, integrację systemów i ukończenie okrętów, a Thales UK między innymi za projekt fazy 1 i napęd.