Johann Friedrich Sigmund Merkel (ur. 5 kwietnia 1845 w Norymberdze, zm. 28 maja 1919 w Getyndze) – niemiecki lekarz anatom i patolog. Rektor Uniwersytetu w Rostocku w latach 1881/82 i 1882/83. W 1875 roku przedstawił pierwszy pełny opis komórek skóry, znanych obecnie pod eponimiczną nazwą komórek Merkla.
Życiorys Syn aptekarza Sigmunda Merkla (1806-1880) i Clary Osterhausen (1816–1877), córki lekarza Johanna Carla Osterhausena i Susanny Marii Wilhelminy Krüger. Wnuk Paula Wolfganga Merkla (1756–1820), norymberskiego kupca i polityka.
Studiował medycynę na Uniwersytecie w Erlangen, Greifswaldzie i Getyndze. Tytuł doktora medycyny otrzymał w 1869 roku w Erlangen. Został prosektorem w Getyndze i rok później habilitował się z anatomii. W 1872 roku został powołany na katedrę anatomii Uniwersytetu w Rostocku. W 1883 został profesorem anatomii na Uniwersytet Albertyna w Królewcu, od 1885 do 1919 wykładał w Getyndze.