Rok później Jan przeniósł się do niemieckiej Formuły BMW. W sezonie 2004 zaprezentował zespół Keke Rosberga. Po dwóch latach w Formule BMW, Jan dostał okazję startu w wyścigu we włoskiej serii F3000 Championship. Był najmłodszym kierowcą w serii, jednak udało mu się zakończyć wyścig na punktowanym miejscu. Osiągnął 11. miejsce w klasyfikacji generalnej, mimo że nie było go w dwóch ostatnich wyścigach, z powodu udziału w A1GP World Cup of Motorsport. Wraz z zespołem "Czech National Team" wziął udział w pierwszym swoim wyścigu A1GP na torze Brands Hatch w Wielkiej Brytanii.
Jan Charouz w 2006 roku zdobył F3000 International Series Masters. Zdobył również nagrodę najlepszego debiutanta i pomógł swojemu zespołowi wygrać klasyfikację zespołową. W 2006 roku został członkiem czeskiego zespołu A1GP i drugim przedstawicielem Czech w A1GP World Cup of Motorsport. Jan również brał udział w innych seriach wyścigowych, w tym 24-godzinnym wyścigu w Spa oraz Megane Trophy.
Formuła 1 W 2010 roku pełnił rolę kierowcy testowego zespołu Renault. W kolejnym zaś sezonie dzielił posadę kierowcy testowego w zespołach Lotus Renault GP i Hispania Racing Team.