Pierwszy prototyp maszyny ustanowił 24 rekordy świata w czasie wznoszenia na wysokość 3000, 6000 i 9000 metrów bez obciążenia i z obciążeniem w klasie samolotów S-2 (wodnosamoloty) i S-3 (samoloty amfibie). W sumie wybudowano cztery prototypy samolotu. Początkowo Be-200 budowany był przez korporację Irkut w Irkucku, jednak z uwagi na duże obciążenie fabryki produkcją samolotów Su-30MK, Jak-130 i przewidywaną MC-21, produkcję amfibii przeniesiono do zakładów Beriewa w Taganrogu. Pierwszym samolotem wyprodukowanym w nowej lokalizacji był przeznaczony dla Ministerstwa ds. Sytuacji Nadzwyczajnych Be-200ES, którego uroczyste wytoczenie z fabryki odbyło się 30 maja 2016 rokuFirst Taganrog-Assembled Be-200ES Rolled Out, „Air Forces Monthly”, nr 7 (2016), s. 26, .
Na początku kwietnia 2013 roku rosyjskie Ministerstwo Obrony ogłosiło przetarg na sześć maszyn Be-200 przeznaczonych dla sił zbrojnych. Trzy samoloty mają się znaleźć na wyposażeniu 7062. Bazy Lotnictwa Sił Morskich Artiom-Kniewiczi w pobliżu Władywostoku a kolejne trzy trafią do 859. Ośrodka Szkolenia Sił Morskich.