Darth Maul spotkał się ponownie z Qui-Gonem i Obi-Wanem na planecie Naboo i stoczył z nimi walkę. Podczas walki udało mu się zabić Qui-Gon Jinna. Obi-Wan zaatakował Sitha niszcząc jedną stronę jego miecza świetlnego. Darth Maul w odpowiedzi pchnął Mocą Obi-Wana w przepaść, gdzie Jedi stracił swój miecz świetlny i o mało co nie spadł, w ostatniej chwili łapiąc się przycisku. Gdy Darth Maul podszedł na krawędź przepaści, Obi-Wan wyskoczył z niej, przyciągnął Mocą miecz Qui-Gon Jinna i przeciął Dartha Maula na pół. Ciało Sitha spadło w otchłań.
Wojny klonów Brat Maula, Savage Opress, z polecenia przywódczyni Sióstr Nocy, matki Talzin, wyruszył na poszukiwania Maula. Znalazł go w podziemiach złomowiska na Lotho-Minor. Maul przetrwał tylko dzięki dolnej połowie ciała zbudowanej ze złomu, która przypominała ciało pająka. Savage i Maul wspólnie postanowili dokonać zemsty na Obi-Wanie.