Położenie kamienia węgielnego odbyło się 3 czerwca 1659 roku. Kościół konsekrowano 31 października 1660 r.ks. prof. Kazimierz Dola 350 lat kościoła św. Franciszka z Asyżu w Nysie na Morawskim Przedmieściu, Nysa 2010, str.10 Nadano mu wówczas wezwania Najświętszej Maryi Panny, św. Franciszka, św. Leopolda i św. Wacława. Nieoficjalnym patronem pozostał także św. Wawrzyniec. Dla upamiętnienia dawnego drewnianego kościoła przybudowano do nowego kaplicę poświęconą Wawrzyńcowi. Zaprojektowano ją tak, aby ołtarz w niej stanął na miejscu głównego ołtarza w starym kościele, którego prezbiterium zwrócone było na północ. W klasztorze, który został ukończony w tym samym czasie, zamieszkało 12 zakonników. Później ich liczba stopniowo zwiększała się, od końca XVII wieku sięgając regularnie wraz z nowicjuszami i studiującymi około 30 osób.
W kościele początkowo był tylko jeden główny ołtarz z wykonanym w Wiedniu w 1659 roku obrazem przedstawiającym św. Wawrzyńca oraz dwoma relikwiarzami. W 1661 roku ufundowano tabernakulum, dwa ołtarze boczne (ku czci Najświętszej Maryi Panny po stronie ambony i św. Antoniego po stronie przeciwnej) oraz ołtarz w kaplicy św.