Należał do nacjonalistycznie nastawionego duchowieństwa pochodzenia rosyjskiego, które sprzeciwiało się utworzeniu w Polsce autokefalicznego Kościoła prawosławnego. Z tego powodu znalazł się w konflikcie z metropolitą warszawskim Jerzym, który opowiadał się za autokefalią. Archimandryta Smaragd uważał wszelkie próby oderwania się go od Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego za sprzeczne z kanonami Cerkwi i popierał działania biskupów wileńskiego Eleuteriusza i białostockiego Włodzimierza przeciwko działaniom metropolity.
W 1922 r. metropolita Jerzy suspendował archimandrytę Smaragda za nieposłuszeństwo. Archimandryta zignorował tę decyzję i samowolnie udał się do eparchii grodzieńskiej, kierowanej tymczasowo przez biskupa białostockiego Włodzimierza. 12 października 1922 również biskup Włodzimierz został ukarany przez Synod w Warszawie – usunięty z katedry. Wcześniej biskupi sprzeciwiający się autokefalii Cerkwi w Polsce zwrócili się do patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Tichona z prośbą o zgodę na dokonanie chirotonii biskupiej archimandryty Smaragda. Według A. Switicza otrzymali zgodę na wyświęcenie go na biskupa słuckiego, wikariusza eparchii mińskiej. Do chirotonii tej ostatecznie nie doszło.