Grób został zlikwidowany przez hitlerowców w 1939 roku. Wydobytą trumnę ze szczątkami Nieznanego Powstańca zniszczono, a robotnikom polecono mogiłę zasypać i posiać trawę, by nie pozostał po niej żaden ślad.
Po zakończeniu wojny powstał Komitet Odbudowy Grobu, który został powołany z inicjatywy działającego już Związku Powstańców i Wojaków w Bydgoszczy. Uroczystość poświęcenia i przekazania grobu społeczeństwu odbyła się 25 sierpnia 1946 roku.
W środowiskach kombatanckich, które uważały, że grób jest zbyt skromny, powstała inicjatywa ażeby obok niego postawić pomnik. Jego projekt wykonał bezinteresownie rzeźbiarz prof. Stanisław Horno-Popławski, będący również kombatantem. Rzeźbę wykonał bydgoski artysta - rzeźbiarz Aleksander Dętkoś. Odlew wykonano w fabryce „Spomasz". Odsłonięcie pomnika odbyło się w dniu 29 grudnia 1986 roku, w 68 rocznicę wybuchu Powstania Wielkopolskiego.
16 grudnia 1998 zawiązał się w Bydgoszczy Zarząd Oddziału Kujawsko-Pomorskiego Towarzystwa Pamięci Powstania Wielkopolskiego 1918/1919 r., które stało się głównym organizatorem uroczystości rocznicowych przed Grobem Nieznanego Powstańca Wielkopolskiego. W 2003 z inicjatywy Towarzystwa w pobliżu pomnika ustawiono pamiątkowy obelisk.