W sierpniu 2015 roku spółka City Football Group stała się jedynym właścicielem klubu poprzez odkupienie udziałów od klubu Melbourne Storm.
Za drugiej kadencji trenera Johna van 't Schipa Melbourne City w sezonach 2014/2015 i 2015/2016 za każdym razem uzyskiwał awans do serii finałowej rozgrywek, którą kończył na etapie półfinału. Przegrywając odpowiedni z Melbourne Victory (0:3) i Adelaide United FC (1:4). W trakcie sezonu 2016/2017 Melbourne City triumfował w rozgrywkach FFA Cup (2016). W finale Melbourne City podejmowało drużynę Sydney FC. Finał zakończył się zwycięstwem klubu z Melbourne w stosunku 1:0. Trener John van 't Schip po 13. kolejce sezonu zasadniczego (2016/2017) został zastąpiony przez Australijczyka Michaela Valkanisa, który poprowadził klub do końca sezonu. Sezon zasadniczy Melbourne City zakończyło na 4. miejscu, a w serii finałowej uległo drużynie Perth Glory w stosunku 0:2.