17 lipca 1998 desygnowany na urząd premiera. Od 22 lipca 1998 do 15 lipca 2002 sprawował urząd premiera mniejszościowego rządu utworzonego przez socjaldemokrację. W 2002 wycofał się z aktywnej polityki, wyznaczając na swojego następcę Vladimíra Špidlę. Rok wcześniej na jego rzecz ustąpił z przywództwa w partii. Zamieszkał w miejscowości Nové Veselí. Został doradcą, a także częstym recenzentem partii współrządzącej Czechami do 2006, ale jego wpływ na politykę ugrupowania pozostawał niewielki. W 2003 bez powodzenia ubiegał się o urząd prezydenta, przegrywając w parlamencie z Václavem Klausem. W 2005 wydał książkę Jak jsem se mýlil v politice. W 2007 opuścił szeregi ČSSD na skutek sporu z liderem partii Jiřím Paroubkiem. W 2009 stanął na czele lewicowego ugrupowania pod nazwą Partia Praw Obywateli – Zemanowcy, które ubiegało się o mandaty w wyborach parlamentarnych 2010. 29 maja 2010, po wyborczej porażce tej formacji, podał się do dymisji ze stanowiska przewodniczącego ugrupowania, zapowiadając jednocześnie, że będzie je nadal popierał.

W styczniu 2013 wystartował w pierwszych bezpośrednich wyborach prezydenckich. W pierwszej turze głosowania otrzymał 24,2% głosów, zajmując 1. miejsce. W drugiej z 25 i 26 stycznia poparło go 54,8% głosujących;