Pierwsze po mistrzostwach zawody Pucharu Świata, w Zakopanem, ukończył na 16. miejscu. Do końca sezonu wystąpił we wszystkich zawodach cyklu, regularnie zdobywając punkty, w większości za miejsca w trzeciej dziesiątce. Najwyżej w sezonie sklasyfikowany został 23 lutego w Kuopio, na 7. pozycji. Sezon ukończył na 29. miejscu w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata ze 182 punktami.
Sezon 2016/2017 Przed sezonem 2016/2017 Kubacki powrócił do kadry A reprezentacji Polski. W sześciu startach w Letnim Grand Prix 2016 trzykrotnie zakończył zawody w pierwszej dziesiątce, w tym raz na podium – 1 października był drugi w Hinzenbach. W klasyfikacji generalnej cykl zakończył na 13. pozycji.
Sezon 2016/2017 Pucharu Świata Kubacki rozpoczął od 16. miejsca w Ruce. W kolejnych tygodniach indywidualnie zajmował miejsca w drugiej dziesiątce, zaś 3 grudnia w Klingenthal był członkiem zespołu, który odniósł pierwsze w historii reprezentacji Polski zwycięstwo w konkursie drużynowym PŚ. W 65. Turnieju Czterech Skoczni zajął 15. miejsce w klasyfikacji generalnej, w poszczególnych konkursach zajmując pozycje pomiędzy szesnastą i dwudziestą. 22 stycznia w Zakopanem zajął 8. miejsce, pierwsze w sezonie w pierwszej dziesiątce PŚ indywidualnie, 28 stycznia w Willingen po raz drugi wygrał w konkursie drużynowym.