Pozostałe 45 klasztory męskie i 38 żeńskich podzielono na etatowe (25 męskich i 10 żeńskich) oraz ponadetatowe (20 męskich i 28 żeńskich). Klasztory etatowe posiadały najwyżej do 14 zakonników (z wyjątkiem konwentu paulinów na Jasnej Górze). Klasztory ponadetatowe nie mogły przyjmować nowicjuszy. Gdy liczba zakonników w klasztorach ponadetatowych spadała poniżej 8, ulegały one likwidacji. Utrzymanie wszystkich klasztorów przeszło na skarb państwa.
Niektóre budynki klasztorne przejmowane były przez biskupów na cele diecezjalne, na rezydencje, seminaria itp. W wielu ulokowano instytucje państwowe. Wiele gmachów niszczało.
30 stycznia 1865 roku kardynał Giacomo Antonelli wysłał notę ambasadorowi rosyjskiemu przy Stolicy Apostolskiej Feliksowi Meyendorfowi, gdzie udowadniał nielegalność ukazu z 8 listopada 1864 roku w świetle prawa międzynarodowego i jego sprzeczność z konkordatem z 1847 roku. Spowodowało to pogorszenie stosunków Imperium Rosyjskiego z Watykanem, co doprowadziło ostatecznie do ich zerwania w 1866 roku. 6 kwietnia 1865 roku papież podjął decyzję o zezwoleniu biskupom przejęcia władzy nad zakonnikami w Królestwie PolskimStanisław Gajewski, Biskupi Królestwa Polskiego wobec ukazu carskiego o klasztorach z 8 listopada 1864 roku, w: Echa Przeszłości, t. IX, Olsztyn 2008, s.