Kiedy Samuel podrósł na tyle, by nosić muszkiet, z lubością brał udział we wszelkich działaniach lokalnej milicji. W wieku 19 lat został porucznikiem pensylwańskiej milicji oraz adiutantem 100.E.J. Warner, Generals in Blue: Lives of the Union Commanders, s. 576. lub 110.Bradley Eide, Gettysburg Discussion Group biography. Regimentu. Zook brał aktywny udział w rozwoju świeżo zadzierzgniętego przedsięwzięcia – telegrafu. Został biegłym telegrafistą i pracował z ekipami, przeciągając druty aż do Mississippi. W 1846 lub 1851Eicher i Eicher, Civil War High Commands, s. 586. przeniósł się do Nowego Jorku i został nadzorcą Waszyngtońskiej i Nowojorskiej Kompanii Telegraficznej (Washington and New York Telegraph Company). Dokonał kilku odkryć w dziedzinie elektryczności, które przyniosły mu uznanie. W Nowym Jorku dołączył do 6. Regimentu Gwardii Gubernatorskiej (milicja), gdzie dosłużył się stopnia podpułkownika, tuż przed wybuchem wojny secesyjnej.
Wojna secesyjna 6 Regiment Nowojorskiej Milicji wspomagał działania regularnych wojsk przez pierwsze lato wojny. Zook służył jako gubernator wojskowy Annapolis, poszukując wsparcia wpływowych politycznie ludzi, aby uzyskać dowództwo nad własnym regimentem. Po zmustrowaniu, Zook utworzył 57.