Komendantem całego systemu obozów na terytorium estońskim był SS-Sturmbannführer Hans Aumeier. Do bezpośredniego kierownictwa obozu należeli: SS-Hauptscharführer Max Dahlmann, SS-Hauptscharführer Kurt Panike, SS-Lagerführer Helmut Schnabel. Rola strażników przypadła estońskiej kolaboracyjnej formacji SS.
Wobec zbliżającego frontu rosyjskiego, setki ostatnich więźniów zostały wyprowadzone do obozów położonych bardziej na zachód (patrz: Marsze Śmierci). 28 czerwca 1944 Armia Czerwona wyzwoliła obóz – był to pierwszy wyzwolony niemiecki obóz koncentracyjny.
Więźniowie i ofiary Przez KL Vaivara przeszło ok. 20 000 więźniów, z czego ok. 500–1000 więźniów żydowskich zginęło w selekcjach, wśród nich wiele małych dzieci. Więźniami byli głównie Żydzi z gett z Wilna i Kowna. Prócz nich w obozie znaleźli się również jeńcy sowieccy, garstka Duńczyków i Estończyków. Zdecydowana większość więźniów znajdowała się w obozie przejściowo i była przesyłana do innych obozów, wedle zapotrzebowań na siłę roboczą przy froncie. Ponad 1200 z nich pracowało jednak w obozie koncentracyjnym Vaivara, głównie przy obsłudze przeładunku kolejowego i pracy nad konstrukcją umocnień frontowych.