Z Tonle Sap wypływa rzeka o tej samej nazwie, która podczas pory suchej płynie na południe w kierunku Mekongu. W czasie pory deszczowej nadmiar wody w Mekongu powoduje cofanie się wód rzeki w kierunku jeziora, które rozlewa się w centralnej części niziny. Jego głębokość wzrasta wówczas z 1–3 do 12 m. Z tego powodu zbiornik ten posiada jedne z najliczniejszych zasobów ryb słodkowodnych na świecie. Doroczne wylewy wód Mekongu przyczyniają się także do akumulacji żyznych aluwiów na terenie równiny centralnej. Inne większe rzeki to: Tonle Srepok, Tonle San, Stung Sen, Stung Sreng, Stung Chinit, Prek Chhlong, Sangke.
Gleby W Kambodży dominują czerwone gleby ferralitowe (ferralsole, akrisole, luwisole) występujące na terenach nizinych oraz żyzne gleby aluwialne (fluwisole), występujące m.in. w dolinach Mekongu i Tonle Sap. Na wyżej położonych terenach występują czerwonożółte laterytowe gleby wilgotnych lasów tropikalnych oraz czerwone gleby laterytowe okresowo wilgotnych lasów tropikalnych (czerwonożółte i czerwone gleby ferralitowe).
thumb|left|360px|Dolny Mekong