Fisichella nie zgodził się z kard. Giovannim Battistą Re na temat ekskomuniki w sprawie aborcji dokonanej na 9-letniej matce w Brazylii, gdzie matka i lekarze biorący udział w zabiegu zostali ekskomunikowani z Kościoła na podstawie kanonu 1398 Kodeksu Prawa KanonicznegoAborcja u zgwałconej brazylijskiej 9-latki: Polecą głowy w Watykanie? fronda.pl [dostęp 12-02-2013].
Późniejszy list napisany przez Kongregację Nauki Wiary podkreślił, że nauczanie Kościoła w sprawie aborcji nie zmieniło sięRetractions. The Holy Office Teaches Archbishop Fisichella a Lesson.
Papieska Rada ds. Nowej Ewangelizacji 30 czerwca 2010 Benedykt XVI mianował arcybiskupa Fisichellę przewodniczącym nowej dykasterii: Papieskiej Rady ds. Nowej Ewangelizacji. Ma ona zajmować się ewangelizacją obszarów, które uległy sekularyzacji.
W związku z reformą Kurii Rzymskiej ogłoszoną w konstytucji apostolskiej Praedicate Evangelium z dniem 5 czerwca 2022 Papieska Rada ds. Nowej Ewangelizacji została zniesiona i połączona z Kongregacją ds. Ewangelizacji Narodów tworząc Dykasterię ds. Ewangelizacji.