Estonię na Letnich Igrzyskach Olimpijskich 2000 reprezentowało 33 zawodników: 31 mężczyzn i 2 kobiety.
Najmłodszym zawodnikiem była pływaczka, Elina Partõka (17 lat), a najstarszym zawodnikiem był szermierz Andrus Kajak (35 lat)
40px Zdobyte medale Medal Zawodnik Dyscyplina Konkurencja 20px|alt=|link= Złoto Erki Nool 30px|alt=|link=Lekkoatletyka Dziesięciobój 20px|alt=|link= Brąz Aleksei Budõlin 30px|alt=|link=Judo Waga półśrednia (81 kg) 20px|alt=|link= Brąz Indrek Pertelson 30px|alt=|link=Judo Waga ciężka (+100 kg)
Skład reprezentacji 50px|alt=|link= Judo Aleksei Budõlin waga półśrednia mężczyzn - 20px|alt=|link= 3. miejsce Indrek Pertelson waga ciężka mężczyzn - 20px|alt=|link= 3. miejsce
50px|alt=|link= Kajakarstwo Hain Helde K-1 500 m K-1 1000 m
50px|alt=|link= Kolarstwo Lauri Aus wyścig indywidualny ze startu wspólnego mężczyzn indywidualna jazda na czas mężczyzn - 32. miejsce Jaan Kirsipuu wyścig indywidualny ze startu wspólnego mężczyzn - 17. miejsce Erki Pütsep wyścig indywidualny ze startu wspólnego mężczyzn- 54. miejsce Innar Mändoja wyścig indywidualny ze startu wspólnego mężczyzn Janek Tombak wyścig indywidualny ze startu wspólnego mężczyzn