Do drugiego spotkania doszło gdy pod koniec XX wieku w efekcie bankructwa Elana spadła i występowała pod nazwą Toruński KP: w sezonach 2000/2001 i 2001/2002 oraz 2003/2004 w czwartej lidze Pomorzanin zawsze kończył rozgrywki niżej w tabeli.
Wiek XXI to gra na szczeblu wojewódzkim, z okresowymi spadkami na szczebel okręgowy, a nawet miejski. To właśnie sezon 2015/2016 był dnem od którego klub się odbił - zajął wtedy 8 miejsce w toruńskiej Klasie A - był to siódmy poziom rozgrywek ligowych, niżej była już tylko Klasa B... W ciągu czterech kolejnych sezonów klub trzykrotnie awansował i w sezonie 2020/2021 grał w 3 lidze, czyli na czwartym poziomie rozgrywek, od którego rozpoczynał w roku 1936. W sezonie 2022/2023 klub gra w IV lidze, gr. kujawsko-pomorska.
Nazwa
Klub założono jako ognisko Kolejowego Przysposobienia Wojskowego w 1930. W 1935 zostało połączone z drugim ogniskiem KPW (związanym z przeniesioną z Gdańska Dyrekcją Okręgowej Kolei Państwowej) w Klub Sportowy Kolejowego Przysposobienia Wojskowego Pomorzanin Toruń.
Po przerwie spowodowanej II wojną światową został reaktywowany w roku 1945 jako Kolejowy Klub Sportowy Pomorzanin.