Była to jedna z ważniejszych dziedzin, dlatego w 1861 otworzono Akademię Medycyny Zachodniej, którą później zmieniono na Akademię Medycyny.
Zmiany nazwy uczelni 1877 → połączono powyższe szkoły, tworząc Uniwersytet Tokijski (Tokyo Daigaku, ang. Tokyo University) 1886 → zmieniono nazwę na Uniwersytet Cesarski (Teikoku Daigaku, Imperial University) 1897 → przyjęto nazwę Tokijski Uniwersytet Cesarski (Tōkyō Teikoku Daigaku, Tokyo Imperial University). 1947 → przywrócono pierwotną nazwę Uniwersytet Tokijski (Tokyo Daigaku, Tokyo University). W chwili utworzenia był to jedyny nowoczesny uniwersytet w Japonii (wzorowano go na szkołach europejskich). Miał tylko cztery wydziały, lecz wraz z szybko rosnącą liczbą studentów, otworzono kolejne. Przez początkowy okres swojego istnienia cieszył się szczególnymi względami cesarza, który osobiście brał udział w ceremoniach wręczania dyplomów, a najlepsi studenci otrzymywali pamiątkowe zegarki. W 1949 w skład uniwersytetu weszła Pierwsza Szkoła Wyższa (dzisiaj kampus Komaba) i Tokijska Szkoła Wyższa, która dziś uczy studentów pierwszego i drugiego roku. Studenci trzeciego roku studiują w głównym kampusie, Hongō.