Po upadku powstania warszawskiego, w grudniu 1944, Niemcy oblali wnętrza pałacu Na Wyspie benzyną i podpalili je. W ścianach częściowo spalonego budynku nawiercono otwory na dynamit, jednak nie wysadzono go w powietrze. Pożary zniszczyły także Ermitaż i Starą Kordegardę, a pałac Myślewicki, Biały Dom i Nową Pomarańczarnię zdewastowano. Zniszczono rośliny egzotyczne przechowywane w Starej i Nowej Pomarańczarni oraz uszkodzono niektóre rzeźby znajdujące się na terenie ogrodu. Straty w drzewostanie wyniosły ok. 25%.
Po 1945 Od 1959, od maja do września, pod odbudowanym pomnikiem Fryderyka Chopina zaczęły być organizowane niedzielne koncerty chopinowskie, organizowane przez Towarzystwo im. Fryderyka Chopina i Stołeczną Estradę. Pałac Na Wyspie przekazano Muzeum Narodowemu w Warszawie, natomiast Łazienki jako całość podlegały Pałacowi Kultury i Nauki.
W kwietniu 1960 w Łazienkach utworzono muzeum, będące oddziałem Muzeum Narodowego w Warszawie. Po zakończeniu odbudowy i urządzania wnętrz do zwiedzania udostępniono siedem pierwszych odrestaurowanych sal pałacu Na Wyspie.