Białecki, Kościół Narodowy w Polsce w latach 1944-1965, Poznań 2003, s.274..
W 1965 roku wraz z 12 duchownymi (w tym z jednym biskupem, dziewięcioma księżmi oraz 2 braćmi zakonnymi) został usunięty dekretem L.dz. 159/65 ze struktur Polskiego Kościoła Starokatolickiego, jednakże dzięki negatywnej decyzji Urzędu ds. Wyznań co do uznania nowej władzy zwierzchniej Kościoła Starokatolickiego kontynuował działalność jako zwierzchnik Kościoła, którego nigdy nie uznały władze państwowe.
Podczas swoich rządów w Kościele Staro-katolickim w PRL powołał do życia trzy diecezje: Pomorską, Śląsko-Dąbrowską i Warszawską. W 1967 nawiązał kontakt z bp. Helmutem Norbertem Paulusem Maasem z Kościoła Zakonu Mariawitów w Niemczech. Konsekrator m.in. biskupów Banacha i Kordzika.
Postępująca od końca lat 80. choroba skutecznie uniemożliwiała Bogdanowi Filipowiczowi zarządzanie Kościołem, mimo tego nie chciał on zrzec się urzędu Zwierzchnika Kościoła. W związku z tym obradujący w lipcu 1993 roku Synod Diecezji Pomorskiej Kościoła Staro-katolickiego w PRL zadecydował o swojej autokefalii i przeszedł pod zarząd ks.