Do konfliktu przyczyniło się także żądanie króla oddania Francji lenna papieskiego – Parmy, gdzie urzędował Ottavio Farnese, wnuk Pawła III. Interwencja zbrojna nie rozstrzygnęła tej kwestii, więc Juliusz został zmuszony oddać Parmę Francji i zawrzeć niekorzystny dla siebie pokój. Usiłował później doprowadzić do pokoju pomiędzy zwaśnionymi władcami, lecz jego nadgorliwa neutralność wzbudzała niechęć z obu stron.
W sprawach wewnętrznych nie wykazywał nadzwyczajnych inicjatyw, z wyjątkiem założenia rzymskiego Collegium Germanicum i reformy zakazującej kumulowaniu beneficjów hierarchom kościelnym. 21 lipca 1550 zatwierdził konstytucję Towarzystwa Jezusowego. Za jego pontyfikatu, doszło do krótkotrwałej obediencji Stolicy Apostolskiej w Anglii – w 1553 roku na tron wstąpiła Maria Katoliczka, a kardynał Pole został legatem papieskim z dużymi uprawnieniami. W listopadzie tego samego roku Pole przewodniczył synodowi, który uwolnił Anglię od schizmy.
Juliusz był mecenasem sztuki i nauki;