Działanie grzybostatczne jest tym większe, im więcej fluorouracylu wbudowanego zostanie do RNA grzybów. W dłuższym kontakcie lek wykazuje działanie grzybobójcze. Podczas dłuższego podawania może pojawić się oporność u szczepów pierwotnie wrażliwych. Dlatego nie należy stosować leku profilaktycznie. Flucytozynę podaje się zazwyczaj w czasie kuracji razem z amfoterycyną B. Jednoczesne stosowanie tych dwóch substancji prowadzi do nasilenia działania obu leków przeciw patogenom.
Dawkowanie W dawkach co 6 godzin 50–150 mg na dobę na kilogram masy ciała. Czas leczenia powinien trwać 4–6 tygodni, w zależności od rodzaju infekcji i jej nasilenia. W kryptokokozie lek należy podawać przez 12 tygodni.
Działania niepożądane Flucytozyna jest na ogół dobrze tolerowana przez pacjentów. Najczęściej występującymi skutkami ubocznymi są nudności, wymioty, wysypka skórna i biegunka. Rzadziej są to omamy, bóle głowy, zaburzenia aktywności enzymów wątrobowych, zapalenie wątroby, czy martwica komórek wątrobowych. W przebiegu leczenia obserwowano również zmiany w obrazie krwi obwodowej, głównie leukopenię, trombocytopenię i agranulocytozę.