W 2001 nastąpił kryzys kiedy odszedł Wes Borland. Nowym gitarzystą został Mike Smith. 23 września 2003 roku ukazał się album Results May Vary, który został chłodno przyjęty przez fanów. Jednak drugi singiel z albumu cover zespołu The Who „Behind Blue Eyes”, okazał się największym hitem zespołu. W 2004 powrócił Wes Borland, co skutkowało równoczesnym odejściem Smitha. Powrót Borlanda wzmocnił skład grupy i już w listopadzie rozpoczęli nagrywanie piątego albumu studyjnego. Ze względu choroby Johna Otto jego obowiązki przejął Sammy Siegler.
3 maja 2005 ukazał się The Unquestionable Truth (Part 1). Płyta nie była pełnowymiarowa, trwała zaledwie 30 minut główny nacisk położono na gitary, wokal Freda Dursta był porównywany z wokalem Zacka de la Rochy z Rage Against the Machine. Grupa przez trzy lata nie grała żadnych koncertów. W 2009 nastąpiła reaktywacja oraz nagrywanie szóstego albumu studyjnego. 28 czerwca 2011 ukazał się Gold Cobra, ostatni album nagrany w wytwórni Interscope Records, którą opuścili na początku 2012, żeby podpisać kontrakt z Cash Money Records.