Cmentarz przetrwał w nienaruszonym kształcie przez okres okupacji. W 1961 roku uchwałą Prezydium Rady Narodowej Miasta Poznania został zamknięty dla celów grzebalnych. 20 listopada 1961 odbył się ostatni pochówek. Zgodnie z prawem cmentarz miał istnieć przez 40 lat, a następnie miano go przekształcić w park.
W 1966 przystosowano kaplicę do celów liturgicznych. 12 sierpnia 1971 roku abp Antoni Baraniak ustanowił ją samodzielnym ośrodkiem duszpasterskim. Na mocy dekretu z 20 maja 1981 roku została utworzona parafia pw. Chrystusa Dobrego Pasterza. W latach 1982–1986 został wybudowany na północno-zachodnim skraju cmentarza kościół według projektu Jana Kopydłowskiego. Tym samym kaplica odzyskała swoje pierwotne przeznaczenie.
W latach 80. były prowadzone badania nad poznańskimi cmentarzami w celu rozpoznania ich wartości historycznych, artystycznych i krajobrazowych. Owocem tych prac było wpisanie 9 lutego 1984 roku przez wojewódzkiego konserwatora zabytków Witolda Gałkę cmentarza wraz z 297 nagrobkami do Państwowego Rejestru Zabytków.