Ultan został jego przeorem, a Foillan pozostał w Nivelles, objaśniając mnichom i mniszkom Pismo Święte.
Po śmierci Idubergi w 652, Gertruda powierzyła zarządzanie klasztorem zastępczyniom, by samej móc poświęcić więcej czasu na studiowanie Pisma Świętego. Mając trzydzieści dwa lata tak bardzo osłabła z uwagi na ciągłą wstrzemięźliwość od jedzenia i snu, że postanowiła złożyć swój urząd. W grudniu 658 jej następczynią została Wulfetruda, jej siostrzenica lub bratanica.
Wkrótce Gertruda zmarła, a zaraz po śmierci rozpoczął się jej kult jako świętej.
Kult W miejscu śmierci Gertrudy Agnieszka, trzecia ksieni klasztoru w Nivelles, ufundowała kościół.
Gertruda jest patronką Nivelles (Nijvel), czczona jest w miastach Beverst, Geertruidenberg i Bergen op Zoom. Jest także patronką podróżnych oraz jest przywoływana przeciwko gorączce, szczurom, myszom, szczególnie myszom polnym. Wzywano ją także jako opiekunkę kotów.