W 1999 Wydział uzyskał prawo nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie transport. W 2008 utworzono trzy zamiejscowe ośrodki dydaktyczne: w Tomaszowie Mazowieckim, Białej Podlaskiej i Nisku, które prowadzą studia na kierunkach transport i elektrotechnika. W tym samym roku nazwa Wydziału została zmieniona na Wydział Transportu i Elektrotechniki. W 2009 został utworzony kolejny kierunek studiów – elektronika i telekomunikacja. W 2010 Wydział uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie elektrotechnikaDecyzja Centralnej Komisji do Spraw Stopni i Tytułów z dnia 21 czerwca 2010 r. [dostęp 2010-06-25], a już rok później utworzono Centrum Eksploatacji Kolei Dużych Prędkości przekształcone następnie w Centrum Eksploatacji i Bezpieczeństwa Transportu z siedzibą na Wydziale Transportu i Elektrotechniki. W roku 2011 Wydział uzyskał prawa do nadawania stopnia doktora habilitowanego Nauk Technicznych w dyscyplinie Transport, co umożliwiło utworzenie na Wydziale Studiów Doktoranckich na kierunkach Transport i Elektrotechnika.