W rezultacie po uzyskaniu przez Kościół w Polsce autokefalii z Patriarchatu Konstantynopolitańskiego znalazł się w episkopacie Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. W 1927 za zasługi dla prawosławia otrzymał prawo noszenia brylantowego krzyża na kłobuku. Ordynariuszem diecezji wileńskiej i lidzkiej pozostawał do 1939, kiedy z powodu choroby zrezygnował z godności i zamieszkał w monasterze Świętego Ducha w Wilnie. Zdaniem Antoniego Mironowicza podstawową motywacją jego rezygnacji był powrót metropolity Eleuteriusza (Bogojawleńskiego) z Kowna do Wilna i uznanie jego praw do zarządzania całą eparchią wileńską i litewską w granicach sprzed I wojny światowej. Ten sam autor podaje, że arcybiskup Teodozjusz wrócił w jurysdykcję Cerkwi Rosyjskiej, uznając decyzję o przyjęciu nominacji na biskupa w PAKP za błędnąA. Mironowicz, Kościół prawosławny na ziemiach polskich w XIX i XX wieku, s.207.