Po sekularyzacji, na wniosek bpa Ciechanowskiego w 1825 r. został prałatem archidiakonem kapituły chełmskiej, a dwa lata później kapituła wybrała go na wikariusza generalnego.
Po śmierci biskupa Ciechanowskiego (7 kwietnia 1828) kapituła chełmska wybrała na administratora diecezji biskupa sufragana Wincentego Siedleckiego, który z uwagi na podeszły wiek zrezygnował z ubiegania się o godność ordynariusza. 10 grudnia 1828 r. car Mikołaj I mianował biskupem ordynariuszem Szumborskiego. Przygotowując grunt pod przyszłą likwidację unii, Mikołaj I uzyskał od papieża Piusa VIII breve z 3 lutego 1830 r., na mocy którego eparchia chełmska przestała podlegać unickiej metropolii lwowsko-halickiej i stała się diecezją podlegającą bezpośrednio Stolicy Apostolskiej. Dopiero po tej decyzji 16 maja 1830 r. Szumborski otrzymał w katedrze chełmskiej z rąk biskupa Wincentego Siedleckiego, w obecności łacińskich biskupów - lubelskiego Wojakowskiego i podlaskiego Lewińskiego, sakrę biskupią. Dwa dni później Mikołaj I mianował Szumborskiego senatorem Królestwa Polskiego. W obradach senatu uczestniczył Szumborski dwukrotnie – w czerwcu i w grudniu 1830. Wobec powstania listopadowego zajął pozycję pełną rezerwy i wyczekiwania.