Po ekspertyzach stanu obiektu, na początku XX w. zadecydowano o wzniesieniu nowego kościoła. Budowę sfinansowano z publicznej kolekty, która z inicjatywy pastora Alfreda Freyschmidta przez pięć lat była prowadzona w całej prowincji śląskiej, a dodatkowo została wsparta dotacją rodziny Schaubertów. Decyzję podjęto 4 marca 1906 r., a na miejsce budowy wybrano plac przy dzisiejszej ul. Trzebnickiej, na pograniczu Obornik Dolnych i Górnych. Plany opracowali architekci: Richard Gaze i Alfred Böttcher. Uroczystość położenia kamienia węgielnego odbyła się 17 czerwca 1907 r. Budowa kościoła trwała ponad rok, a prace prowadził mistrz budowlany Richter z Trzebnicy.
Od 1983 r. w kościele znajduje się łaskami słynący obraz św. Antoniego Padewskiego, pochodzący z kościoła bernardynów w Husiatynie. Początkowo był on umieszczony w kaplicy bocznej, ale w 1997 r. został zawieszony na głównej ścianie kościoła, po lewej stronie prezbiterium. 10 stycznia 2019 roku, dekretem wydanym przez arcybiskupa Józefa Kupnego, ustanowiono w kościele sanktuarium św. Antoniego Padewskiego „Husiatyńskiego”Sanktuarium św. Antoniego Padewskiego „Husiatyńskiego” w Obornikach Śląskich. oficjalna strona parafii [dostęp 2021-02-20].