Kiedy w latach 1262-1265 wszystkie te części miasta połączyły się w jeden organizm, centralnie położona część stała się centrum administracyjnym nowego miasta, a kościół Mariacki w konsekwencji uzyskał status kościoła rady miejskiej i głównego kościoła parafialnego. W przeciwieństwie do analogicznych kościołów w Lubece i Stralsundzie kościół Mariacki w Rostocku nigdy nie tworzył jednego zespołu architektonicznego z ratuszem przy centralnym placu miasta, lecz był położony nieco z boku na północny zachód od Neue Markt (Nowego Rynku) pomiędzy ulicami Kröpeliner Straße i Lange Straße.
Od 1260 do kościoła Mariackiego wcielono szkołę łacińską, nad którą patronat sprawowała rada miejska. Patronat nad kościołem sprawowali natomiast aż do reformacji możnowładcy (Landesherren) – dom książęcy Mecklenburg-Schwerin; kontrola nad kościołem była sprawowana jednak również i przez miasto.