Nieszczęścia prześladowały krasnoludów także poza Morią i w 2790 roku Trzeciej Ery Thrór, spadkobierca linii Durina, oddawszy uprzednio swój pierścień synowi, wkroczył samotnie do miasta. Thrór został zabity przez przywódcę goblinów zamieszkujących podziemia, lecz wieść o śmierci spadkobiercy rodu Durina wywołała płomień zemsty wśród jego pobratymców. W 2799 roku Trzeciej Ery, po trzech latach zbrojeń i sześciu latach zaciętej wojny, krasnoludowie zgromadziwszy wielkie siły stanęli do ostatecznej bitwy z goblinami w rozciągającej się przed Wschodnią Bramą Morii dolinie Azanulbizar. Armię goblinów kosztem wielkich strat zniszczono, ale krasnoludom brakowało sił, aby utrzymać w swoich rękach starą siedzibę. Przed zajęciem miasta wstrzymywała ich także ciągła obecność Balroga.
Zostawione w spokoju gobliny ponownie się rozrastały. Większość z nich wyginęła w 2941 roku podczas Bitwy Pięciu Armii, pomimo tego zdołali jednak wyprzeć krasnoludów pół wieku później, gdy w 2989 roku do Morii przybył Balin i założył tam kolonię. Gobliny wycofały się wówczas do głębszych jaskiń, ale po pięciu latach przypuściły atak i zabiły wszystkich krasnoludów, odcinając im wpierw obie drogi ucieczki z miasta.