Podczas wojen napoleońskich przez miasto w 1812 przeszły 200-tysięczne wojska Napoleona, w tym oddziały polskie. Pomimo grabieży armii napoleońskiej był to dla miasta okres krótkotrwałej wolności (lipiec – grudzień 1812). W Wilnie zainstalowano podległy Francuzom i złożony z Polaków tymczasowy rząd (Komisja Rządząca Tymczasowa). W efekcie klęski Napoleona w Rosji, resztki Wielkiej Armii wycofały się przez Wilno w początkach grudnia. W mieście i w jego okolicach wielu żołnierzy zmarło wtedy z głodu i wycieńczenia. Już 10 grudnia 1812 Wilno ponownie zajęli Rosjanie. mały|lewo|Wilno w XIX w. (Marcin Zaleski) W XIX Wilno było miejscem rozwoju licznych patriotycznych organizacji np. filaretów, filomatów, Związek Patriotyczny i Szubrawców. W lecie 1823 doszło w Wilnie do masowych aresztowań polskiej młodzieży. W tym czasie w Wilnie studiował i był więziony Adam Mickiewicz. Po powstaniu listopadowym z 1831 Rosjanie zamknęli uniwersytet. Do 1842 działały wydziały medyczny i teologiczny. Przywódców powstania powieszono na Placu Łukiskim. Utworzono Wileńską Bibliotekę Publiczną. Pod koniec marca 1849 władze rosyjskie rozbiły spisek braci Dalewskich, który przygotowywał wybuch powstaniaEgidijus Aleksandravičius, Antanas Kulakauskas, Pod władzą carów. Litwa w XIX wieku, Kraków 2003, s.