Od tamtej pory cesarz uciekał przed Ahmadem Granem, tworzył kolejne armie, które raz po raz były niszczone. Część możnowładców przeszła na islam. Wszystko wskazywało, że los Etiopii jest przesądzony. W 1540 roku, po śmierci cesarza Lybne Dynygala, jego następca, Klaudiusz, rozpoczął „rekonkwistę”. Najważniejsza zmiana zaszła w Kościele Etiopskim. Do tej pory pacyfistyczny, uznał wojnę z sułtanatami za wojnę religijną i zaczął wspierać walki z najeźdźcą. Już w tym samym roku pobito wojska Wezyra Asa. Etiopczycy nawiązali kontakty z Portugalczykami, którzy dostarczyli cesarstwu broń palną, artylerię, a także wysłali niewielki oddział strzelców. Klaudiusz wygrał w 1542 roku ważną bitwę pod Wegerą. W roku następnym w czasie bitwy u stóp góry Zentara zginął imam Gran, co doprowadziło do podziałów w armii najeźdźców. Wkrótce nastała olbrzymia susza, która wymusiła dwuletni pokój. W 1548 roku Etiopowie przenieśli walki na tereny Sułtanatu Hererskiego. Sukcesu nie wykorzystano przez kolejną straszliwą suszę. W 1559 roku zginął cesarz Klaudiusz. Wojna jednak wygasła z powodu wieloletniej suszy i straszliwego wyludnienia sułtanatów arabskich. Etiopia odzyskała swoje ziemie, jednak nie powzięła ofensywy, gdyż Kościół Etiopski uważał się za elitarny i nie zamierzał nawracać sąsiadów.