W swoim pierwszym sezonie w tym klubie strzelił 16 bramek w 31 ligowych spotkaniach, Manchester City sięgnął po tytuł Mistrza Anglii, a trener Mercer określił Francisa jako „ostatni kawałek układanki”. W kolejnym sezonie jego zespół zdobył Puchar Anglii.
W sezonie 1969/1970 Lee został najlepszym strzelcem swojej drużyny, tak jak przez kolejne 4 lata. Dodatkowo Manchester City sięgnął po Puchar Zdobywców Pucharów, ogrywając w finale Górnik Zabrze.
W sezonie 1971/1972 Francis Lee ustanowił brytyjski rekord strzelonych karnych w sezonie. Spośród 35 bramek aż 15 padło z „jedenastki”. Wiele rzutów karnych wynikało z faulów na nim samym, dzięki czemu zyskał sobie przydomek od kibiców Lee One Pen (dosłownie: Karny Lee). Niektórzy dziennikarze, twierdzący iż uzyskiwał on rzuty karne dzięki symulowaniu zmienili nieco jego pseudonim na Lee Won Pen (Lee zdobywca karnych). Przypadek Francisa jest często przytaczany podczas rozważań na temat symulowania faulów w polu karnym. Jeden z bardziej szanowanych sędziów w Anglii Keith Hackett określił, iż Lee „miał reputację łatwo dającego się powalić zawodnika”. W sumie w tym sezonie Lee strzelił 33 bramki w lidze, co dało mu tytuł króla strzelców.