Życie prywatne Joanne Rowling ma młodszą siostrę Dianne. Pisarka jest żoną młodszego od siebie szkockiego lekarza anestezjologa Neila Murraya. Para pobrała się 26 grudnia 2001, mają dwójkę dzieci: syna Davida i córkę Mackenzie. Z poprzedniego małżeństwa, z portugalskim dziennikarzem Jorge Arantesem, pisarka ma córkę Jessicę. W okresie poprzedzającym stworzenie serii Harry Potter cierpiała na depresję kliniczną. Pisząc pierwszą powieść, będąc po rozwodzie, samotnie wychowywała dziecko.
Imię Przed publikacją Harry’ego Pottera i Kamienia Filozoficznego, pod wpływem sugestii wydawcy, Bloomsbury, Rowling zdecydowała się podpisać książkę inicjałami, dodając drugie imię. Wybrała imię swojej babki – Kathleen, którego formalnie pisarka nigdy nie nosiła. W ten sposób powstał pseudonim „J.K. Rowling”. Po swoim drugim mężu przyjęła nazwisko Murray. W życiu prywatnym posługuje się zdrobnieniem „Jo”. Jak podkreśla, w dzieciństwie pełnym imieniem zwracały się do niej jedynie osoby nastawione do pisarki pejoratywnie.
Dobroczynność W 2005 Joanne Rowling założyła organizację charytatywną Lumos, która pomaga dzieciom i młodzieży poprzez reformę systemu opieki nad dziećmi na całym świecie.